Mushroom Mundo é atacado pelo rei dos Koopas. Desta vez, Bowser enviou seus sete comparsas, conhecidos como Koopalings e Bowser Jr. para sequestrar a princesa Peach.
Jogar 140 níveis de Super Mario Bros 3 [SNES] e também do mundo e 38 níveis de Super Mario Bros 3 [GBA] + 12 Beta níveis SMB3 [SNES]. Tudo isso com gráficos de New Super Mario Bros Wii, com todas as Star Coins com cada sapo escondido.
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