Após a destruição da sociedade máquina de gerência de camadas nas mãos de um corvo, a humanidade começou lentamente o processo de retorno à superfície e repovoar a face do globo. Está tudo bem com a humanidade, ou assim que as empresas que levam a crer, no entanto, apesar de suas garantias descrença na população em geral, as coisas realmente estão melhorando para a humanidade. Equipes de reconhecimento são enviados em todo o mundo para pesquisar o terreno e determinar o que mudou, e para procurar áreas para a humanidade voltar a ir. Tudo até agora parece ser explorável, ou pelo menos acessível; tudo, isto é, com exceção de uma área que continuamente escapa aferição. Todas as tentativas de investigar esta região são atendidas com perda completa de contato das unidades exploratórias, principalmente na sua fronteira. Qualquer coisa que tenta cruzar a linha fica em silêncio, assim essa demarcação se torna conhecida como a "Linha do Silêncio."
Dado que a humanidade voltou a um estado subterrâneo depois de uma guerra nuclear global, não há nenhuma ameaça conhecida nesta área silenciosa. No entanto, nunca tudo o que cruza em que ele retorna. O que está por trás da Linha silenciosa? Por que tudo que atravessá-la vão faltar? Como um corvo de Cortex Global, você é enviado para a linha de Silêncio para descobrir exatamente o que está por trás disso, e para encontrar uma resposta para este enigma.